Laboratoře klinické cytologie se věnují mikroskopickému vyšetření buněk.
Cytologicky lze vyšetřit:
1. tekutý materiál – výpotky (pleurální, perikardiální, ascites, kloubní), moč, výplach z bronchu, bronchoalveolární tekutina, likvor, obsah cyst apod. Mikroskopicky jsou vyšetřeny buňky v sedimentu po centrifugaci tekutiny.
2. slizniční povrchy – např. děložní čípek, bronchy, žlučové cesty apod. Materiál je odebraný stěrem pomocí kartáčku (brushing).
3. buňky odebrané tenkojehlovou aspirační cytologií (fine needle aspiration cytology – FNAC). Odběr se provádí intramuskulární jehlou. Aspirované buňky se natřou na podložní sklo. Takto lze vyšetřit štítnou žlázu, lymfatické uzliny, slinné žlázy, pankreas, prs, ložiskové změny v plicích apod. Aspiraci lze provést naslepo z hmatného ložiska nebo pod kontrolou zobrazovacích metod (UZ, CT – cílená aspirace z patologického ložiska).