Hlavní činností oddělení jsou laboratorní vyšetření pro diferenciální diagnostiku akutních otrav léčivy, drogami a dalšími xenobiotiky jako jsou etanol, těkavé látky, glykoly, houby, rostliny, oxid uhelnatý aj.
Toxikologické oddělení provádí také testování akutní, subakutní i chronické toxicity a další specializované toxikologické studie (senzibilizace, mutagenita, teratogenita, reprodukční toxicita, karcinogenita , aj.) Dále se zde provádí některé testy pro zjišťování nezávadnosti zdravotnických prostředků.
